分子医学部門だより No. 5(2016年8月号)

(H28.8.26 掲載)
  平素より分子医学部門の活動へご理解とご協力をいただき誠にありがとうございます。
 毎号「分子医学部門だより」全文をメールとホームページの両方に掲載しています。利用者の皆様に当部門をより
 一層活用していただく一助となれば幸いです。

目次
【1】部門専任教員から
【2】部門職員から(担当:酒井)
【3】お知らせ(LSM780セミナーの開催、リアルタイムPCRセミナーの開催)
【4】分子医学部門だよりの発行とメーリングリスト開設、登録のお願い

【1】部門専任教員から
 日頃より分子医学部門の活動へご理解とご協力をいただき誠にありがとうございます。
 8月8-9日の二日間、国立研究開発法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)と秋田県総合食品研究センター主催によるバイオサイエンスデータベース「統合データベース」講習会(AJACSこまち)に参加してきました。秋田県産業技術センター高度技術研究館において、参加者全24名、秋田大学からは当部門2名の他に数名の方が参加がされました。
 統合データベース講習会は、生命科学系のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会で、2007年度から全国各地の大学や研究機関などで開催されています。 今回は、生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの紹介、配列解析、遺伝子発現データベース・解析、化合物データベース、パスウェイデータベース、次世代シーケンス解析などのオミックスデータの統計解析について講習が行われました。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習で、生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい初心者の方には大変有用な情報が多い内容でした。例えば、未知の短い塩基配列やペプチド配列の情報から関連する情報を網羅的に検索することができるGGRNA(ぐぐるな)や、個々の遺伝子発現プロファイルを調べるのに便利なRefExというツールは、使い方が簡単ですぐに利用できるものとして大変有用だと思います。その他、マイクロアレイや次世代シーケンサーなどで得られる大量の発現変動遺伝子データリストを解釈するDAVIDや、大量データの統計解析等に使用するRRStudioなど少し慣れが必要なツールもありました。当部門にも次世代シーケンサーが近々設置される予定ですが、その際に得られるデータの解析に役立つと思います。このようなツールは当部門が利用者に使い方をご紹介したりご相談を受けることが出来るように今後考えていきたいと思います。今回の全ての講習で使用した資料が公開されています。また、統合TVというサイトでは講習会の内容が動画で公開予定です。過去の分も公開されていて、様々なツールの使い方を動画でみることができますので、是非ご活用ください。

 さて、分子医学部門では利用者の皆様にバイオサイエンス関連の最新の分析技術や最新機器の紹介、ワークショップ 形式での機器使用法の指導サポートなどを行う「分子医学部門サポート&セミナー」を行っています。来月は2つのセ ミナーを予定しております。
 9月7-9日(水-金)は恒例となりました共焦点顕微鏡LSM780ワークショップ・セミナーを開催します。最先端のイメージングテクノロジーセミナーや、利用者にサンプルを持ち込んでいただき撮影や分析でお困りのことをメーカー専門員に顕微鏡を操作しながら相談するイメージングクリニック、実機を用いたワークショップ基本操作説明会、応用説明会を行います。
 9月28日(水)には、リアルタイムPCRセミナーを企画しています。 初めてリアルタイムPCRをするときにどのような方法があるのか、何に注意すると良いのかなどの情報をお届けする予定です。 セミナー詳細は下記お知らせやホームページのお知らせ欄のほか、部門からの案内チラシ(AUCISにも掲載)でもお知らせしています。皆様の多数のご来場をお待ちしております。 当部門では、セミナーについてご意見を募集しています。 セミナー終了後の会場やホームページ上でアンケートを行っておりますので、ぜひ皆様のご意見ご要望をお寄せください。今後も「分子医学部門サポート&セミナー」を企画していきます。 新しいセミナー内容についてもご希望などありましたら分子医学部門までご連絡ください。

【参考ページアドレス】
 ・統合データベース講習会(AJACSこまち)資料:(http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs61)
 ・GGRNA(ぐぐるな):未知の短い配列情報から関連する情報を網羅的に検索する (http://ggrna.dbcls.jp)
 ・RefEx:個々の遺伝子発現プロファイルを調べる (http://refex.dbcls.jp) 
 ・DAVID:大量の発現変動遺伝子データリストを解釈する (https://david.ncifcrf.gov)
 ・R:大量データの統計解析等に使用する (https://www.r-project.org)
 ・RStudio:Rの補助的ソフト (https://www.rstudio.com)
 ・統合TV:講習会や様々なツールの使い方を動画でみることができる (http://togotv.dbcls.jp/ja/ajacs_text.html)

                                               (小代田)

【2】部門職員から
 当部門に技術職員としてH26年4月より勤務させていただいたおります、酒井彩子と申します。今年4月からフロー サイトメーターを主に担当しております。装置のメンテナンス等を通し、装置の構造や技術を習得する事で、より良い 貸出・受託サービスに繋げられるよう努力しております。フローサイトメーターだけではなく、あるいは機械だけでは なく、利用者の方々のニーズに合わせて多角的な視点から支援ができるようになりたいと思っています。 自分一人でできる範囲は限られるかもしれませんが、各担当が連携してアイデアを出し合い研究支援していくことがで きるよう、他スタッフとともに精進していきたいと思いますので、今後ともよろしくお願いします。
                                            (執筆担当:酒井)
【3】お知らせ

●9/7〜9 分子医学部門サポート&セミナーNo123
「最先端イメージングテクノロジーセミナー&LSM780ワークショップ」を開催します。

 9/7(水)〜 9(金)の日程で「最先端イメージングテクノロジーセミナー&LSM780ワークショップ」を開催します。

 セミナーは当日自由に参加できますが、ワークショップは事前の申し込みが必要となります。
 締切は 8月31日(水)までになりますので、お早めにお申し込みください。
 詳細の確認や申込書のダウンロードはこちらのページをご覧下さい。

●9/28 分子医学部門サポート&セミナーNo124「リアルタイムPCRセミナー」を開催します。

 9/28(水)分子医学部門棟 2F セミナー室にて、分子医学部門サポート&セミナーNo124「リアルタイムPCRセミ
ナー」を開催する予定です。詳細が決まり次第、チラシ、ホームページ上でお知らせ致します。

 ※セミナータイトル及び実施時間について、多少変更になることがございます。
【4】分子医学部門だよりの発行とメーリングリスト開設、登録のお願い
 分子医学部門ではホームページのリニューアルを機に「分子医学部門だより」を発行し、分子医学部門メーリングリストを開設して利用者の皆様に配信を始めました。 「分子医学部門だより」では、部門専任教員、職員から分子医学部門の利用についてのお知らせ、各種セミナーや講習会開催のお知らせ、新しい分析機器、分析技術の紹介など、部門ホームページと連携した様々な情報を提供いたします。

メーリングリストへのご登録は部門のホームページ左側、【メール配信 登録ボタン】をクリックし必要事項を記入したメールを送信していただくことで登録できます。
貴部局におかれましては分子医学部門をご利用の教職員、大学院生の方々へメーリングリストへの登録のご案内をよろし くお願いいたします。