分子医学部門だより　No. 98（2024年5月号）

　平素より分子医学部門の活動へご理解とご協力をいただき誠にありがとうございます。
　毎号「分子医学部門だより」全文をメールとホームページの両方に掲載しています。利用者の皆様に当部門をより一層
　活用していただく一助となれば幸いです。

目次
【1】部門専任教員から 【2】お知らせ 　　●シングルセル解析 ライブラリ調製作業とデータ解析の受託・支援サービスを開始しました（追記再掲） 　　●プロテオーム解析、ゲル内消化タンパク質同定等の受託分析サービスを開始しました（追記再掲） 　　●全自動ELISA装置と全自動ウェスタン装置を導入しました（追記再掲） 【3】分子医学部門だよりの発行とメーリングリスト開設、登録のお願い

【１】部門専任教員から

日頃より分子医学部門の活動へご理解とご協力をいただき誠にありがとうございます。 今月は新規共用機器Rhapsodyを使用したシングルセル解析のライブラリ調製・データ解析受託サービスを開始しました。すでに複数の講座からご相談を頂いております。6月にはRhapsody用のシングルセルATAC-seq解析用の試薬キットも販売されるとのことで、マルチプレックスサンプル解析に対応していますので、シングルセルATAC-seq解析が安価に行えるようになります。ご興味のある方は是非ご相談ください。 また、LC/MS分析によるプロテオーム解析についても受託分析を開始しました。こちらも複数の講座からご相談を頂いております。１回の測定で5000種程度のタンパク質の同定が可能で、複数サンプル間で定量比較等の解析を行えます。こちらもご利用をご検討ください。 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　（小代田）

【2】お知らせ

●シングルセル解析 ライブラリ調製作業とデータ解析の受託・支援サービスを開始しました（追記再掲） 新規導入したシングルセル解析前処理システムBD Rhapsodyを使用するライブラリ調製作業、および、データ解析の 受託・支援サービスを始めました。すでに数件の分析依頼がありました。依頼が多数の場合、共通試薬を追加で購入 いたします。ご検討中の方はお気軽にご相談ください。 利用の流れ 細胞の用意（利用者）→Rhapsodyを使用したライブラリ調製（部門担当）→シークエンス（利用者、外部受託分析） →データ解析（部門担当） 【ライブラリ調製作業】 　　　　機器：BD Rhapsody シングルセル解析システム (Rhapsody Express, Rhapsody Scanner) 　　　　場所：分子医学部門棟4階　406 シーケンサー室 　シングルセル解析を行う際に利用者が負担する初期費用をなるべく抑えるため、4回分の試薬キットを分割して使 　用できるように部門で必要な試薬キット、器具類を購入しました。１キットは4回に分けて別々に使用できるので 　利用者で日程を合わせる必要はなく、使用した分だけ費用を負担していただく形で利用できます。本機器を使った 　ライブラリ調製などの作業は、利用者と相談の上で当部門担当職員が受託・支援いたしますので、お気軽にご相談 　ください。 　BD Rhapsodyの導入オンラインセミナーのスライド資料、関連試薬カタログ資料などを部門ホームページにアッ 　プロードしましたのでご覧ください。シングルセル解析を実際に行う際の費用例なども記載されていますのでご活 　用ください。 　　　　Rhapsody 部門ホームページは こちら 【データ解析】 　シングルセルRNAseqなどの次世代シーケンスデータを解析するための専用のPCとソフトウエアを使い、次世代シ 　ーケンスデータ解析を支援します。マップ後のデータの他、fastqファイルなど生データを読み込んで解析すること 　も可能です。公開データベース上のデータを使った解析も可能です。 　　　　解析ソフトウエア：CLC Genomics Workbench (QIAGEN) 　　　　部門ホームページは こちら 　データ解析の詳細は部門ホームページをご覧の上、部門担当にご相談ください。 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（担当：小代田、夏井、目黒　内線：6191） ●プロテオーム解析、ゲル内消化タンパク質同定等の受託分析サービスを開始しました（追記再掲） 4階共用機器LC-MS装置を使用した質量分析LC/MS/MSによるプロテオーム解析、ゲル内消化タンパク質同定等の 受託支援サービスを始めました。 サービスの利用をご希望の方、ご興味のある方は部門担当までご相談ください。 ・Whole cellプロテオーム解析 　細胞ペレット、または細胞ライセートの状態から、還元/アルキル化/ビーズによる処理/酵素消化/脱塩/精製/濃 　縮を行った後、Nano-LCで分離し、ZenoTOF7600 (Sciex社）でSWATH測定します。データ解析はDIA-NN、 　OneOmics (Sciex)、BioReview (Sciex)を使い、細胞内で発現しているタンパク質の発現・機能解析を網羅的 　に行います。通常1回の測定で5000種くらいのタンパク質の同定・定量比較データの取得が可能です。 ・In-gel digestion(ゲル内消化)によるタンパク質同定 　SDS-PAGEゲルから目的とするバンドを切り出し、還元/アルキル化/酵素処理/脱塩/精製/濃縮を行った後、Na 　no-LCで分離し、ZenoTOF7600でLC/MS/MS測定した後、解析ソフトOneOmicsでタンパク質の同定を行い 　ます。 利用の流れ、料金等、受託支援サービス詳細は、部門ホームページ LC/MS分析サービス（こちら）をご覧くだ さい。 分析相談、ご質問など随時受付しております。担当者へお気軽にご連絡ください。 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（担当：小代田、小野、目黒　内線：6191） ●全自動ELISA装置と全自動ウェスタン装置を導入しました（追記再掲） 新規共用機器として、全自動ELISA装置と全自動ウェスタン装置を下記のように導入しました。 　　　　機器：全自動ELISA装置 Ella、全自動ウェスタン装置 Jess（プロテインシンプル社） 　　　　場所：分子医学部門棟4階 405 分光分析室 部門ホームページに本装置の概要、必要な試薬情報など記載しましたのでご覧ください。 部門ホームページ　全自動ELISA Ella 　　　　　　　　　全自動ウェスタン Jess 一部の試薬キットについては共用試薬として用意しているものもありますので利用の前にご相談ください。 初めて利用する講座、実験者の方には、それぞれの機種について部門担当による利用講習を受けていただきます。 利用講習は随時受付しております。 ご質問ご不明な点などございましたら、担当までご連絡ください。 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（担当：小代田、夏井、小野、目黒、千田　内線：6191）

【3】分子医学部門だよりの発行とメーリングリスト開設、登録のお願い

分子医学部門ではホームページのリニューアルを機に「分子医学部門だより」を発行し、分子医学部門メーリングリストを開設して利用者の皆様に配信を始めました。「分子医学部門だより」では、部門専任教員、職員から分子医学部門の利用についてのお知らせ、各種セミナーや講習会開催のお知らせ、新しい分析機器、分析技術の紹介など、部門ホームページと連携した様々な情報を提供いたします。 メーリングリストへのご登録は部門のホームページ左側、【メール配信 登録ボタン】をクリックし必要事項を記入したメールを送信していただくことで登録できます。 貴部局におかれましては分子医学部門をご利用の教職員、大学院生の方々へメーリングリストへの登録のご案内をよろしくお願いいたします。